Tomoya Okazaki est un lycéen en troisième année.
Il entretient une mauvaise relation avec son père depuis que celui-ci est
devenu alcoolique et qu'une dispute a amené son père à le blesser à l'épaule.

Une distance s'est donc installée depuis longtemps entre eux deux:
Tomoya préfère pour cette raison traîner hors de chez lui,
et commence à être considéré comme un délinquant bien que sa vie l'ennuit toujours.
Mais sa rencontre avec Nagisa va changer sa vie.

Il commença alors à rêver d'un monde sombre habité seulement par une jeune
fille capable de créer des objets en assemblant des ordures.
Cette fille fabrique un corps pour Tomoya, et ces deux-là
constituent les seuls “survivants“ de ce monde.