Après avoir terminé le jeu, un chercheur de l'Institut météorologique informera le joueur d'une forte lumière du soleil présente sur les Routes 114, 115, 116 ou 118. Il faudra alors aller y découvrir une grotte nouvellement formée, où Groudon s'y repose après les événements surgis lors du scénario principal.

Après avoir vaincu la Ligue, un chercheur de l'institut météorologique informera parfois le joueur que des pluies torrentielles sont présentes sur les Routes 105, 125, 127 ou 129. Si le joueur utilise Plongée dans une parcelle d'eau profonde nouvellement créée, il y découvrira une nouvelle grotte, où Kyogre s'y repose après les événements surgis lors du scénario principal.