En vadrouillant un peu partout dans la région de Johto, vous aurez la chance de rencontrer des Pokémon légendaires. Uniques et très puissants, ils sont cependant très difficiles à attraper. Voici la liste de ces Pokémon. Raikou, Entei et Suicune sont des Pokémon fuyards, ils se déplacent de routes en routes à Johto après que vous les avez rencontré à la Tour Cendrée. Si vous vous trouvez sur la même route que l'un d'entre eux, ce dernier peut alors apparaître lors d'une rencontre avec un Pokémon sauvage. La première action qu'il effectue est la fuite et vous avez le temps de faire une attaque ou lancer une Poké Ball avant qu'il s'enfuit à nouveau. Une astuce pourrait être de le piéger avec la capacité Regard Noir, l'empêchant ainsi de fuir, mais l'effet de Regard Noir se désactive si votre Pokémon est retiré ou tombe K.O.