Condition : avoir capturé Kyogre ou Groudon dans votre version puis avoir obtenu l'autre d'une version HGSS. Allez voir le Professeur Chen à Bourg Palette pour recevoir l'Orbe Vert. Ceci fait, Rayquaza apparaît à la Tour Enfouie, prêt à être combattu ! Pour y accéder, prenez le même chemin que pour Kyogre/Groudon avec Surf et Escalade depuis la Route 47 et la Grotte Falaise. Note : si vous le mettez K.O. ou le fuyez, Rayquaza réapparaît en battant la Ligue Pokémon.