Condition : avoir obtenu les 16 badges. Munissez-vous de Surf et éventuellement Flash pour y voir clair, Éclate-Roc n'est pas obligatoire pour atteindre Mewtwo mais vous permet de récupérer quelques objets. Allez alors à la Caverne Azurée qui est située près d'Azuria. Pour l'atteindre, vous devez d'abord traverser le Pont Pépite au nord, puis passer par le chemin d'herbes à sa gauche et enfin surfer jusqu'à l'entrée. Lorsque vous êtes rentré dans la grotte, surfez et allez sur la rive au nord-ouest. Tournez ensuite dans le sens inverse des aiguilles d'une montre en esquivant les 3 premières échelles (qui donnent accès à quelques objets). Vous monterez alors sur un plateau pour trouver l'échelle suivante devant un pont : Vous arrivez au premier étage, un labyrinthe qui vous poserait certainement problème si vous n'avez pas Flash... Prenez le seul chemin à gauche, puis la direction du haut, puis celle de droite. Suivez ensuite le chemin jusqu'au bout pour tomber sur l'échelle descendante au nord-ouest.Vous atteignez alors le sous-sol, vous ne devrez pas avoir trop de difficultés : essayez d'atteindre la surface d'eau au sud (plusieurs moyens possibles), puis surfez vers la rive au nord-est. Enfin, suivez le chemin vers le bas jusqu'à atteindre une autre surface d'eau : Mewtwo se tient à l'est de cette dernière !